Első okleveles említése 1222-ből való, amikor Rouz fia Joachim volt az ura. 1262-ben IV. Béla Baboti Ajándok fiát, Szolnokot és ennek fiait, Andrást és Adorjánt erősíti meg itteni birtokukban, melyet villa Bobuth néven említ. 1534-ben I. Ferdinánd király báró Cseszneky Györgynek, a győri vár provizorának adományozza. Cseszneky templomot építtet a faluban az evangélikus egyháznak. 1547-ben a falu felét megvásárolja Mérgesi Poki Gáspár győri alispán. 1592-ben báró Cseszneky János tilalmazza Nádasdy Ferencet Kisbabot puszta elfoglalásától és használatától. 1611-ben Darkó István, Cseszneky Márton, Babothy Tamás és Hegyi Farkas említtetnek kisbaboti nemesekként. Egy 1619-es feljegyzés pusztaként említette.

A törökök elpusztították és felégették, de hamarosan újra életre kelt, amikor 1636-ban ismét német zsoldosok rabolták ki és gyújtották fel. Ismét benépesült, majd 1700-ban árvíz döntötte romba nagy részét. Alig heverte ki ezt a bajt, 1748-ban egy véletlen következtében nagy viharban támadt tűz az egész falut elhamvasztotta. Még ez a csapás sem volt elég a sokat sújtott lakosságnak, mert 1848-ban Jelačić bán hadai támadták meg és rabolták ki a községet. A 19. század elején az Illyés család volt a legnagyobb birtokosa.